Pro každý dotaz, který je proveden, je vrácen PDOStament. Ve svém kódu budete moci kdykoli použít PDOStatement->rowCount() (během transakce nebo po ní a vrácení/zavázání nezáleží). Každý objekt se stará sám o sebe.
Důvod, proč má mysql_affected_rows tuto poznámku o transakci, je ten, že zná pouze jediný zdroj připojení mysql. To znamená, že když dokončíte transakci (commit/rollback), byl odeslán nový dotaz do DB, čímž se změní, který výsledek se zpracovává pro počet ovlivněných řádků.