Z nějakého googlování a tohoto vlákna reddit , Zjistil jsem, že musíte nastavit výchozí národní prostředí.
Takže příkaz, který pro mě fungoval, byl:
mysqldump --default-character-set=latin1 --lock-tables=false --single-transaction=TRUE --host=$HOST --user=$USER --password=$PASSWORD $DB
Použil jsem jak tabulky uzamčení, tak jednu transakci, protože mám kombinaci tabulek myisam a innodb.