Už to funguje.
1) Vytvořil jsem prázdnou databázi pojmenovanou podle skutečné databáze na serveru v mé lokální instalaci.
2) Zabil jsem "mysqld"
3) Zkopíroval jsem tři soubory ib* do mého místního datového adresáře MySQL (ve Windows to byla skrytá složka v kořenovém disku). Ujistěte se, že jste zkopírovali do adresáře datového souboru InnoDB, v závislosti na vašem my.cnf mohou být data InnoDB a MyISAM uložena v různých složkách. Také jsem zkopíroval soubory .frm.
4) Spustil jsem "C:\Program Files (x86)\MySQL\MySQL Server 5.1\bin\mysqld" --defaults-file="C:\Program Files (x86)\MySQL\MySQL Server 5.1\my.ini" --innodb-force-recovery=6
5) Spustil jsem mysql -uroot -pmypass pro potvrzení use mydb; select * from mytable; vrátil výsledky.
6) Použil jsem mysqldump mydb mytable --compact > file.sql
To je ono!