I když je mysqldump běžně hlášenou příčinou, není to jediná.
V mém případě spuštění artisan:migrate na jakékoli databázi také spustí tuto chybu pro různé databáze na stejném serveru.
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041 Zmiňuje uzamčení/vyprázdnění tabulek, které by byly volány v mysqldump, takže stojí za to zkontrolovat, zda současně neprobíhají nějaké migrace, zámky nebo vyprázdnění.
Pokud se to nepodaří, zkuste přepnout přípravy na emulované.
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]