Pokud nemůžete mít nepřetržitě běžící skript, něco jej musí spustit, takže by se to muselo spoléhat na vnitřnosti vašeho OS. V unixovém prostředí by stačila úloha cronu, jak sami uvádíte.
Nastavte cron, aby skript spustil, a nechte skript po určitou dobu čekat a poté pokračovat v běhu a odesílání, dokud další e-mail neuplyne déle než tento daný čas. Poté přimějte skript přidat novou úlohu cron pro nový čas probuzení.