Jak mohu spojit dvě tabulky ve více sloupcích v CakePHP 3?

Ano, je to možné. Stačí použít pole k vyjádření sloupců, které by se měly shodovat:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

To bude odpovídat key1 = fk1 a key2 = fk2