Měl jsem stejný problém. Vyřešil jsem to tak, že jsem před PŘIDAT SLOUPEK provedl CHANGE COLUMN (nebo MODIFY COLUMN) před ADD COLUMN.
Ve vašem příkladu by to dalo následující příkaz SQL:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;