SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> '3'
Jaký je datový typ id ačkoli? V případě číselné hodnoty byste chtěli použít
SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> 3
V MySQL můžete také použít != spíše než <> ale <> je ANSI a přenosnější
.