Můžete zkusit nastavit max_allowed_packet parametr pouze pro jednu relaci
:
sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)
Pokud to funguje, můžete nechat kód tak, jak je, nebo změnit svůj soubor my.cnf (s vědomím, že to vyřeší problém s prováděním).