To plně závisí na typu vašeho webu. Pokud vytváříte malý projekt pouze s webovým rozhraním, zůstaňte u svých volání mysql.
Pokud děláte web, který se rozroste a bude sloužit více než jedné službě, např. aplikace pro Android/iPhone je již naplánována, sestavte rozhraní API a nechejte jej používat obě aplikace. Rozhraní API jsou skvělá pro škálovatelnost a obsluhu mnoha zákazníků. Nicméně pro webovou reprezentaci, např. pro vašeho místního zubaře je to prostě režie.