Můžete použít JDBC - standardní způsob, jak přimět Java komunikovat s databázemi. Budete potřebovat příslušný MySQL JDBC Řidič. Apache DbUtils poskytuje některé pomocné třídy obklopující JDBC a bylo by užitečné.
Pokud chcete API vyšší úrovně, které odstraní některé standardní informace, podívejte se na Jarní integrace JDBC .
Pokud chcete ORM (objektově-relační mapování), pak Hibernate je dobrá volba.
Všechny tři jsem ve Scale úspěšně použil.