V zásadě má mysql proměnnou délku řádku, pokud se nemění na úrovni tabulky. Prázdné sloupce tedy nevyužijí žádné místo (no, téměř).
Ale u objektů BLOB nebo textových sloupců může být lepší je normalizovat, protože mohou mít k dispozici velká data a je třeba je číst/přeskočit při každém skenování tabulky. I když sloupec není ve výsledkové sadě a provádíte dotazy mimo index, u velkého množství řádků to zabere čas.
Jako správný postup si myslím, že bude rychlé umístit všechny administrativní a často používané sloupce do jedné tabulky a vše ostatní normalizovat. Jakýsi "vertikální" design jako ve vašem druhém příkladu bude složitý na čtení a jakmile budete pracovat s dočasnými tabulkami, dříve nebo později narazíte na problémy s výkonem.