Pokud jsou data ve správné složce, budou viditelná v MySQL, nebo se při spuštění serveru zobrazí chyby. Zkontrolujte /var/log/messages a váš protokol chyb MySQL (jak je definován ve vaší konfiguraci).
Pokud se nezobrazují žádné chyby a data nevidíte, je pravděpodobné, že datová cesta v my.cnf ukazuje na jinou složku.