I když si nejsem jistý, co konkrétně spouští problém (zdá se, že otevřené připojení může nějakým způsobem skončit přerušeným stavem na straně clusteru RDS), zdá se, že problém je rozhořčen agresivním sdružováním připojení a opětovným použitím na klientská strana se odehrává v konektoru MySQL .NET.
Jakmile k problému dojde, zdá se, že dotčená připojení pouze zůstávají ve fondu, jsou libovolně vybírána zpět z fondu a znovu a znovu používána. (Docela pravděpodobně souvisí s tím, jak vidíte, že problém pokračuje náhodně, jakmile začne.)
Přidávání Connection Lifetime=x
k připojovacímu řetězci, x je doba v sekundách, po kterou je připojení udržováno naživu pro opětovné použití, zdá se přinejmenším zmírnit příznaky.