Pokud máte UNIQUE index nebo PRIMARY KEY definované v těchto třech sloupcích, pak ano, můžete REPLACE INTO to. Přidejte index, pokud jej ještě nemáte:
ALTER TABLE session_table ADD PRIMARY KEY (`id`, `key`, `metadata`);
Pokud již máte definovaný PK, vytvořte složený UNIQUE index přes tyto sloupce:
CREATE INDEX `idx_id_key_metadata` ON session_table (`id`, `key`, `metadata`);
Více o MySQL CREATE INDEX syntaxe