Nejsem odborník na MySQL, ale chvíli používám Tomcat JDBC s Oracle. Nečinná připojení zde přetrvávají, dokud se aplikace nevypne. Zkontroloval bych protokoly připojení v MySQL a povolil protokolování v Tomcat JDBC, abych zjistil, kdo skutečně vypíná připojení. Obojí ano.