Druhý nefunguje, protože v řetězci dotazu používáte tři zástupné symboly a pro interpolaci poskytujete pouze jednu proměnnou.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
Tímto způsobem mechanismus formátování řetězce neočekává, že poskytnete 3 hodnoty, protože znaky procent jsou „uniknuty“ (hanba za první verzi odpovědi).