Nezálohujete information_schema, ale jinak ano, ponechejte si kopii vašeho my.cnf a výpis z mysql db tabulek a nastavení protokolů. Chcete-li to provést, postupujte takto:
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Pokud se chystáte obnovit na 100% stejnou verzi MySQL, můžete také zálohovat vypnutím serveru a vytvořením úplné kopie obsahu /var/lib/mysql (nebo kdekoli, kde jsou vaše datové soubory) spolu s váš soubor my.cnf. Pak stačí kopii vrátit na místo, až budete chtít začít žít, a zapnout server.