JPA nepovoluje entity vytvořené ze sloupců z více tabulek?

Moc nerozumím tvému ​​nastavení.

@SecondaryTable je pro uložení jedné entity ve více tabulkách, ale ve vašem případě máte vztah mnoho ku jedné mezi různými entitami (každá je uložena ve své vlastní tabulce) a měla by být mapována jako taková:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}