Osobní názor:MyISAM byste neměli používat na nic nového. InnoDB podporuje spoustu funkcí, které MyISAM nepodporuje. Nejdůležitější jsou transakce, po nichž následuje referenční integrita a spousta dalších položek.
Mnoho lidí se bude snažit namítnout, že MyISAM je rychlejší, a tak má stále své místo, ale a) tato mezera se značně uzavřela a zrychlení lze provést mimo databázi (tj. memcached atd.), ab) rychlá databáze se špatnými daty není tak užitečné.