Je to proto, že stále máte kategorie v poli, když jste je již přiřadili. Co můžete udělat, je provést funkci, kde předáte argument jako odkaz, a ve smyčce foreach mít možnost vymazat pole z již přiřazené kategorie. Jednoduchá implementace níže.
function getChildren(&$rows, $p = 0) {
$r = array();
foreach($rows as $row_id => $row) {
if ($row['parent_node']==$p) {
$r[$row['product_category_code']] = getChildren($rows, $row['product_category_code']);
unset($rows[$row_id]);
}
}
return $r;
}