Nejste si jisti, proč to chcete udělat takto, existují lepší způsoby, ale odpověď na vaši otázku udělejte takto:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
a také nezapomeňte vymazat výsledky, jinak nebudete moci provést další dotaz, ale nemyslím si, že smazání vrátí výsledek.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
také si pamatujte, že pokud jeden dotaz selže, všechny ostatní se nespustí. takže pro ladění zkuste nejprve spustit každý dotaz samostatně a ujistěte se, že vše funguje, protože jeho příkaz delete zazálohuje vaši databázi před spuštěním dotazu a podle potřeby obnoví.