MySQL vynechává řádky, které uživatel již viděl při kontrole viděné tabulky

Musíte přesunout omezení na uuid_user z WHERE klauzule na ON klauzule spojení:

SELECT * 
FROM maintable m 
LEFT JOIN seentable s 
    ON m.uuid = s.uuid AND s.uuid_user = '[user]'
WHERE s.uuid IS NULL;

Výše uvedené je logika, kterou zde chcete. Nyní k úspěšnému spojení mezi záznamy ze dvou tabulek dojde vždy, když uuid hodnoty odpovídají a když uuid_user hodnota ze zobrazené tabulky odpovídá nějaké hodnotě. Všimněte si, že by měl být uuid_user hodnota ne shoda pro žádný záznam, nebude odfiltrován, což se stane s vaším aktuálním dotazem.