Z vašeho dotazu usuzuji, že s databází umíte perfektně pracovat, ale tato chyba se často stává po určité době, kdy je spojení navázáno...
Předpokládejme, že používáte node-mysql
Zdroj:https://github.com/felixge/node-mysql #error-handling
Vaše chyba ukončuje připojení k databázi:
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
Zde můžete zkontrolovat stav připojení a v případě potřeby provést opětovné připojení.
Můžete se také pokusit ručně připojit ke své službě mysql a změnit časový limit požadavku:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 04/13/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/