Jak převést tabulku MySQL na JSON pomocí PHP?

Pro jistotu použijte json_encode takhle:

$real = array_map(function($a) { return $a["real"]; }, $rows);
$orcamento = array_map(function($a) { return $a["orcamento"]; }, $rows);
$desvio = array_map(function($a) { return $a["desvio"]; }, $rows);

echo json_encode(array(
    array('name' => 'orcamento', 'data' => $orcamento),
    array('name' => 'real', 'data' => $real),
    array('name' => 'desvio', 'data' => $desvio)
));

(ale v podstatě ve vašem původním výstupu [ a ] k obklopení objektů chybí a musíte použít dvojité uvozovky " pro citování klíčů a řetězců)