Jak jste řekl, váš persistence.xml je pod src/main/resources takže to možná nedokáže přečíst
musíte jej umístit pod src/main/resources/META-INF
Ještě jedna věc dodat
<property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema(ForeignKeys=true)"/>
do vašeho persistence.xml.
Pokud přidáte openjpa.jdbc.SynchronizeMappings vlastnost, jak je ukázáno níže OpenJPA automaticky vytvoří všechny vaše tabulky, všechny vaše primární klíče a všechny cizí klíče přesně tak, aby odpovídaly vašim objektům