Verze MySQL od 5.6.7 mají secure_auth ve výchozím nastavení povoleno, což znamená, že klient 5.6.7+ vám nedovolí se připojit, pokud je vaše uživatelské heslo MySQL zahašováno pomocí metody starší než 4.1. Řekl jste, že migrujete z instalace 4.0.24, takže vaše uživatelské heslo MySQL je určitě zahašováno pomocí metody starší než 4.1.
Při použití mysql nástroj příkazového řádku, můžete to obejít a připojit se k databázi starší verze 4.1 pomocí --skip-secure-auth možnost příkazového řádku. Například:
mysql -h 127.0.0.1 -u username -p --skip-secure-auth
Bohužel neexistuje způsob, jak deaktivovat secure_auth v mysql-python.