Zkoušeli jste #define HAVE_INT8_T (a podobné, předpokládám, že totéž platí pro jiné typy) před zahrnutím hlavičky MySQL?
Tj. něco jako
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDIT:Pokud MySQL.h obsahuje něco jako "config.h", což věci opět pokazí, můžete zkusit přímo zahrnout tento config.h, pak upravit nesprávné definice a pak zahrnout MySQL.h. Pravděpodobně bude kolem souboru config.h ochrana začlenění, která zabrání jeho opětovnému zařazení.