Přihlásil jsem se do tabulky mysql log s cronem, který to drtí.
Obecně používám innodb tabulky v mých aplikacích, ale pro tabulku protokolu jsem to udělal jako myisam a použil insert DELAYED . . . dotazy.
Myisam neposkytuje všechny vychytávky innodb, ale věřím, že je o něco rychlejší (z tohoto důvodu).
Hlavní věc, které se obáváte, je zamykání databáze, když váš cron běží, ale použití "insert delayed" tento problém z větší části vyřeší.