Díky komentáři @marcus-adams jsem na to přišel. Musíte použít '/qn', '/x' a '{installer:mysqlUninstallKey}' jako samostatné argumenty v akci 'Spustit spustitelný nebo dávkový soubor' v install4j. Pokud použijete 1 argument s mezerami, nebude to fungovat. Díky tomu funguje na 32bitových a 64bitových verzích.
