Třídy, které jsou na vašem původním <select> se zkopírují do <div> generované Select2, takže byste neměli očekávat, že získáte svůj původní <select> pouze pomocí selektoru třídy.
To, co se právě děje, je, že nastavujete .html() z <div> namísto <select> , a proto se již nezobrazuje správně. Místo toho, aby dělal
$(".cr_coursedescription").html(html);
Měli byste to vyzkoušet
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Získává tedy pouze <select> prvek.