Přišel jsem na to a doufám, že řešení pomůže někomu, kdo čelí stejnému problému jako já.
Protože můj server běžel pomalu, hledal jsem řešení, zkoušel jsem spoustu věcí, ale nic nefungovalo, pak jsem změnil název hostitele pro připojení k databázi z localhost na 127.0.0.1 a fungovalo to. Tato změna zprovoznila mysqli a můj server se díky tomu mnohem zrychlil