Instance RDS ve VPC nemohou být členy skupin zabezpečení RDS. Místo toho by měl být RDS v rámci VPC ve skupině zabezpečení VPC. V boto použijte vpc_security_groups parametr (s hodnotou ID bezpečnostní skupiny VPC) spíše security_groups parametr. Podívejte se také na dokumenty boto RDS
pro create_dbinstance() .