Obecně se to provádí pomocí transakce. Upravte soubor se všemi INSERTy. Přidejte řádek nahoře a dole:
BEGIN TRANSACTION;
-- all insert statements go here
COMMIT;
Nyní, jakmile se přihlásíte do MySQL z příkazového řádku, spusťte
mysql> source file_name
Viz zde pro podrobnosti.