sql pdo php kde v proměnné

První :
pozor, když přímo vkládáte řetězec do dotazů, protože můžete být cílem vložení SQL

Za druhé :
přímá změna dotazu může být nejjednodušší řešení

// $a is either null or something like [1, 2]
$sql = "SELECT id FROM user";
if ($a) {
    $debug = implode(',', $a);
    $sql = "SELECT id FROM user WHERE id IN ($debug)";
}