Zkuste toto:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Nikdy jsem to nezkoušela s aktualizací klíčových sloupců, jako je tato, ale fungovalo by to pro jiné sloupce, takže stojí za to vyzkoušet.