Zrovna teď jsem měl podobný problém.
Po dalším zkoumání jsem si uvědomil, že jsem zapomněl udělat connection.commit() po smazání, nebo, jak jsem našel někde jinde, můžete prostě udělat cursor.execute("set autocommit = 1") před provedením jakýchkoli dalších operací s daty, aby byly okamžitě automaticky potvrzeny, pokud nepotřebujete kontrolu nad potvrzením transakcí.
To mohl být problém s Cmagovým kódem, i když bez toho, abychom viděli více, je těžké říct.