Myslím, že toto chování nemůžete přeskočit. Technicky předáváte řetězec, takže CI jej jako takový interpretuje a jednoduše jej obklopuje uvozovkami.
Myslím, že je lepší jednoduše zřetězit $empIDs ručně (např. pomocí foreach smyčka), která je escapuje pomocí $this->db->escape() v případě, že si chcete být jisti.