mysql počítejte, kolikrát jedno pole odkazuje na druhé

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Tím získáte počet odlišných id podle ref.

select ref, count(*) from table group by ref;

Tím získáte počet záznamů podle ref.

EDIT:

Zkuste to, abyste získali požadovaný výstup.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Příklad na SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2