Zkuste nahradit dílčí dotaz spojením:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Zde je odkaz na článek o tomto problému . Autor tohoto článku napsal uloženou proceduru, aby přinutil MySQL vyhodnotit poddotazy jako nezávislé. Pochybuji však, že je to v tomto případě nutné.