Místo výběru všech polí pomocí "SELECT *" byste měli explicitně pojmenovat každé pole, které potřebujete, a podle potřeby je přiřadit AS. Například:
SELECT si.field1 as si_field1,
si.field2 as si_field2,
ind_data.field1 as ind_data_field1
FROM sites_indexed as si
LEFT JOIN individual_data as ind_data
ON si.id = ind_data.site_id
WHERE `url` LIKE :url
A pak můžete odkazovat na názvy aliasů ve vaší sadě výsledků.