mysql-server (jakékoli verze) závisí na dalších balíčcích (ve vašem případě mysql-community-libs mysql-community-server)
Když je nainstalován na prvním místě se starou verzí, tato věc je nainstalována. Když "odinstalujete" mysql-server, tyto závislosti NEJSOU odstraněny.
Když se pokusíte nainstalovat novou verzi, budou tyto stále existující balíčky v konfliktu s novým balíčkem. Nezáleží na tom, jestli tam jsou skutečné soubory v balíčku, je to balíček a jeho seznam toho, co lze očekávat, je v konfliktu.
Chcete-li vyřešit váš problém, zjistěte, jaké byly závislosti mysql-server, a před pokusem o instalaci je odinstalujte.
Tato odpověď https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package může být zajímavé pro zjištění, na čem mysql-server závisí