Stejný problém se mi stal kvůli schema_filter v mé konfiguraci. Můj soubor doctrine.yaml (Symfony 4) měl následující:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
Musel jsem jednoduše přidat "migration_versions" do filtru schématu takto:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~