Perl dbi Prepare uvádí nesprávnou nabídku

Dělá jen to, o co jste požádali. Když je zadán řetězec, ? je ekvivalentní řetězcovému literálu. Takže

SELECT * FROM Table WHERE field = ?

znamená

SELECT * FROM Table WHERE field = 'test'

a

SELECT * FROM ?

znamená

SELECT * FROM 'test'

Musíte použít

$dbh->prepare("
   CREATE TABLE IF NOT EXISTS ".( $dbh->quote_identifier('test') )." (
             `id` bigint(100) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT
          )
");