Stačí změnit znakovou sadu celé databáze:
ALTER DATABASE databasename CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
A samozřejmě to můžete udělat pro nějaký stůl.
Další informace naleznete v dokumentaci zde.
UPRAVIT:
Jinak, pokud jsou vaše data již uložena v "?" značky, realita je taková, že je poškozená.