Máte pravdu, nemůžete volat svůj alias v klauzuli WHERE nebo HAVING, ale jinak si nejsem jistý, co máte na mysli; GROUP BY a HAVING jsou určeny k použití společně:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200