Jak nahradit NULL 0 v dotazu?

Není třeba jej obalovat dalším CASE/COALESCE/IFNULL nebo cokoli, stačí použít CASE EXPRESSION ELSE , v případě, že nejsou splněny všechny podmínky, ELSE bude použito.

UPDATE users 
           SET reputation = reputation +
                            CASE WHEN id = ? THEN 2
                                 WHEN id = ? AND NOT ? THEN 15
                                 ELSE 0
                            END
          WHERE id IN (?, ?);