Zdá se, že vaše pole se jménem není jedinečné. Váš poddotaz se shoduje s více než jedním řádkem, takže musíte buď najít jedinečné ID, které se bude shodovat s jiným než názvem, nebo pokud chcete vzít pouze první výsledek z poddotazu, postupujte takto:
UPDATE TABLE1 SET ID = (SELECT TABLE2.ID FROM TABLE2, TABLE1
WHERE TABLE1.NAME=TABLE2.NAME LIMIT 1) WHERE TABLE1.ID IS NULL