Předpokládám, že názvy tabulek uvádíte velkými písmeny, což fungovalo ve Windows, ale kvůli rozlišování malých a velkých písmen již nefunguje v Linuxu.
Mohli byste přejmenovat každou databázi. Pokud však máte přístup ke konfiguraci mySQL, měli byste mít také možnost nastavit --lower-case-table-names až 1
.
S touto možností nemám žádné zkušenosti, ale podle manuálu způsobí, že se mySQL chová vůči tabulkám bez ohledu na velikost písmen, jako je tomu ve výchozím nastavení ve Windows.