MySQLdb.connect přebírá parametr use_unicode, který může problém vyřešit. Pokud ne, možná budete muset nastavit znakovou sadu na cokoliv, co vaše tabulka používá:
MySQLdb.connect(host="localhost", user="root",passwd="*****", use_unicode=True, charset='xxxxx')
http://mysql-python.sourceforge.net/MySQLdb.html